女子学院生徒会は、中高別々の組織を持っていますが、そこに属する委員会・クラブ・同好会は、一貫教育の特性を生かして中学1年生から高校3年生まで協力しあって共に活動しています。
中学生徒会には、中央・文化祭実行・宗教・図書・整美・校紀保健・体育・広報・監査局各委員会が置かれ、文化祭・体育祭・クリスマス・講演会などの学校の諸行事の企画から実行まで責任を持ちます。
また、各種の勉強会を開いたり、外部への支援活動を行なったりしています。その他、学校の美化や図書館の仕事など学校生活の中で果たす役割は大きいものと言えます。